九寨沟位于四川省西北部岷山山脉南段的阿坝藏族羌族自治州九寨沟县漳扎镇境内，地处岷山南段弓杆岭的东北侧。距离成都市400多千米，系长江水系嘉陵江上游白水江源头的一条大支沟。九寨沟自然保护区地势南高北低，山谷深切，高差悬殊。北缘九寨沟口海拔仅2000米，中部峰岭均在4000米以上，南缘达4500米以上，主沟长30多公里。
九寨沟的得名来自于景区内九个藏族寨子（树正寨、则查洼寨、黑角寨、荷叶寨、盘亚寨、亚拉寨、尖盘寨、热西寨、郭都寨），这九个寨子又称为“和药九寨”。由于有九个寨子的藏民世代居住于此，故名为“九寨沟”。
九寨沟自然保护区内有108个高山湖泊，它们大部分成群分布，面积大小不同，小的半亩，大的千亩以上。一条沟有如此之多的高山湖泊，这在全国、全世界也找不到第二条。九寨沟有许多天池，其中最大的长达7公里，天池的四周覆盖着郁郁葱葱的原始森林。九寨沟大型瀑布有17处，为九寨沟诺日朗瀑布。保护区内最大的湖泊为长海子，它由此向南达7公里。
九寨沟国家自然保护区是岷山山系大熊猫A种群的核心地和走廊带，具有典型的自然生态系统，为全国生物多样性保护的核心之一。动植物资源丰富，具有极高的生态保护、科学研究和美学旅游价值。景区内生物多样性丰富，物种珍稀性突出。九寨沟又是以高山湖泊群、瀑布、彩林、雪峰、蓝冰和藏族风情并称“九寨沟六绝”，被世人誉为“童话世界”，号称“水景之王”。九寨沟还是以地质遗迹钙化湖泊、滩流、瀑布景观、岩溶水系统和森林生态系统为主要保护对象的国家地质公园，具有极高的科研价值。